\newcounter{bptnhsa}
\def\bptnhsaadd{\stepcounter{bptnhsa}\thebptnhsa}
\renewcommand{\thebptnhsa}{\arabic{bptnhsa}.\thesection}
\makeatletter
\@addtoreset{bptnhsa}{section}
\makeatother
شما دو بار دستور \renewcommand{\thebptnhsa} را استفاده کردین که درست نیست.
در راهنمای bidi نوشته که:
If you decide to change the numbering of chapters, sections, subsections,
equations, figures and …, you should either load amsmath package and use
\numberwithin macro to do this or do the ordinary way, but instead dot write
\@SepMark. Using dot instead \@SepMark will certainly make trouble.
اما دستور \numberwithin{bptnhsa}{subsection} خروجیش مشکل داره و ترتیب شماره فصل و قسمت و شماره قضیه رعایت نشده.
چرا؟
البته با دستور زیر جواب داد: (که فکر می‌کنم استفاده ازش درست نباشه و مشل‌ساز بشه بعداً.)
\makeatletter
\renewcommand\thebptnhsa{%
\@arabic\c@bptnhsa%
\@SepMark%
\@arabic\c@subsection%
\@SepMark%
\@arabic\c@section}
\makeatother
با این روش هم جواب داد که دستورهای بالا را غیرفعال کنیم و دستور \setRTL را قبل از \bptnhsaadd گذاشتم.
چرا؟
لطفا راهنمایی کنید.
من بیشتر از این بلد نیستم. :)