سلام. در اینجـــــــــــا (http://tex.stackexchange.com/questions/107665/how-to-insert-rtl-citations-in-a-ltr-article-using-bibtex/107686#107686) پاسخ زیر را نوشتهام:
\documentclass[10pt,twocolumn,a4paper]{article}
\usepackage{fontspec}
\newfontfamily\Persianfont[Script=Arabic,Scale=1]{XB Niloofar}
\makeatletter
\TeXXeTstate=1
\def\Persiantext#1{\begingroup\beginR\Persianfont#1\endR\endgroup}
\def\Persianbibitem#1{\begin{RTLbibitems}\Persiantext{#1}\par\end{RTLbibitems}}
\makeatother
\usepackage{bidi}
\begin{document}
\section{Introduction}
You can use Persian and Arabic text between Latin text, with bidi package and the
above Persiantext command.
For example you may have an Arabic paragraph such as follows:
\begin{RTL}
\Persiantext{آدمی در عالم خاکی نمیآید بدست}
\end{RTL}
Or a brief text such as:
\Persiantext{این متن}
between your Latin text.
Also you may have Persian or Arabic references such as this Persian
\cite{Amintoosi87afzayesh} and this Latin \cite{Baker02limits} references
with the above Persianbibitem command.
\begin{thebibliography}{1}
\bibitem{Amintoosi87afzayesh}
\Persianbibitem{
امینطوسی، محمود، مزینی، ناصر، و فتحی، محمود. افزایش وضوح ناحیهای. در چهاردهمین کنفرانس ملی سالانه انجمن کامپیوتر ایران، صفحات ۱۰۱-۱۰۸، تهران، ایران، اسفند ۱۳۸۷. دانشگاه امیرکبیر.}
\bibitem{Baker02limits}
Baker, Simon and Kanade, Takeo. Limits on super-resolution and how to break them. IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell., 24(9):1167--1183, 2002.
\end{thebibliography}
\end{document}