مشکل از بسته preview است. در واقع اصلاً این بسته برای این کار مناسب نیست. روش اصولی crop کردن این است که ابتدا فایل test.tex را داری:
\documentclass{book}
\usepackage{tikz}
\usepackage{xepersian}
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}[scale=1]
%\draw[help lines] (-4,-4) grid (4,4);
\node (A) at (-2,0) [left] {$X$};
\node (B) at (2,0) [ above = 1mm, right ] {$Y$};
\node (C) at (0,2) {$X_1:Y_1\hbox{یبی}$};
\draw [very thick] (-2,0) -- (2,0);
\draw [very thick] (.2,1.8) -- (2,0);
\draw [very thick](1.25,1.5) arc (120:210:15mm) ;
\end{tikzpicture}
\end{document}
با اجرای xelatex خروجی test.pdf را میگیری که cropشده نیست. برای crop کردنش یک cmd باز میکنی و مینویسی:
pdfcrop test.pdf test-cropped.pdf
فایل test-cropped.pdf نسخه crop شده test.pdf است. فهمیدی؟