علت اصلی مشکل را پیدا کردم. پرونده PDF ضمیمه در نمایه اول مشکلدار است اما حالت درست باید نمایه دوم باشد. کد زیر را قبل از \begin{document} قرار بده. در نسخه آینده bidi این مشکل را درست میکنم:
کد: [انتخاب]
\makeatletter
\renewcommand\@idxitem{\par\hangindent \if@RTL-\fi40\p@}
\makeatother