بله با اضافه کردن بسته زیپرشین مشکل بوجود میاد. من نمیدونم چرا!
کد: [انتخاب]
\documentclass{article}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\begin{equation}
f(x)\footnote{foo}
\end{equation}
\end{document}
یه راهحل همان روش خودتان با کمی تغییر است که ضمیمه کردهام.