با فرض اینکه از کلاس استاندارد book استفاده میکنین:
کد: [انتخاب]
\documentclass{book}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}
\makeatletter
\renewcommand\theequation
{\@arabic\c@equation}
\@addtoreset{equation}{section}
\makeatother
\begin{document}
\chapter{فصل اول}
\section{تست یک}
مقداری متن
\begin{align}
a=b+c
\end{align}
\section{تست دو}
مقداری متن
\begin{align}
a=b+c
\end{align}
\end{document}