سلام
من هم این مشکل رو داشتم و حلش کردم. من از xeindex استفاده میکنم. اگه این 2 تا کار رو کنی این مشکل پیش میاد:
1- استفاده از quickindex
2- استفاده از دستور
\immediate\write18{xindy -L persian -C utf8 -M texindy \jobname.idx}
ابتدای فایل تک برای تولید سریع نمایه
بعد از اجرای اول فایل، اگه از texmaker استفاده میکنید F12 رو بزنید (استفاده از makeindex). سپس دوباره فایل رو اجرا کنید.
اینطوری 1،2،3 در نمایه به صورت 1-3 در میاد
تکایو ۲۰۱۳ خودتون رو بروز کنید. شما از نسخه قدیمی زیپرشین استفاده میکنید.