فایل نمونه قرار میدادید بهتر بود. اما فکر میکنم مرجع فارسی را بعد از دستور \resetlainfont و در داخل محیط LTRbibitems قرار دادهاید. نباید مرجع فارسی در داخل این محیط باشد. همچنین برای نوشتن مراجع نیازی به استفاده از \rl ندارید. در حقیقت به شکل زیر:
کد: [انتخاب]
\begin{thebibliography}{9}
\bibitem{falabel}
مرجع فارسی
\begin{LTRbibitems}
\resetlatinfont
\bibitem{label}
your bib
\end{LTRbibitems}
\end{thebibliography}