مشکل شما در قسمت واژگان هم دقیقاً همین است. اگر خط ۹ کدی را که قرار دادم ببینید، این کد هست:
کد: [انتخاب]
\addcontentsline{toc}{section}{مراجع}
شما در حیقیت خودتون دارید در فهرست مطالب «مراجع» رو بصورت section تعریف میکنید. برای حل مشکل باید section رو به chapter تغییر بدهید:کد: [انتخاب]
\addcontentsline{toc}{chapter}{مراجع}
تمام شد رفت. اگر شما فایل کمینه با شرایطی که گفتم بفرستید، زود هم به جواب میرسید.