با فراخوانی بسته amsthm قبل از فراخوانی بسته xepersian مشکل شماره گذاری حل شد.
در راهنمای زیپرشین گفته شده که نباید بستههای amsmath, amssymb, amsthm , graphicx مستقیما فراخوانی شود ولی تا اینجا من مجبور شدم amsmath, amssymb, amsthm را فراخوانی کنم تا مشکلات پیش آمده رفع شود.
ظاهرا این توضیح باید از راهنمای زیپرشن حذف شود و یا باید اصلاح دیگری در بسته زیپرشین انجام شود.