ایشون سوالشون در مورد مراجع بود. اینطور استفاده کردن از محیط latin مشکلاتی در تورفتگی و ... ایجاد میکنه.
باید به این صورت استفاده بشه:
\begin{thebibliography}{99}
\begin{LTRbibitems}
\resetlatinfont
\bibitem{1}
مرجع لاتین
\end{LTRbibitems}
\bibitem{2}
مرجع پارسی
\end{thebibliography}