من الان متوجه سوال شما شدم.
باید فایل cls که مخصوص دانشگاه علم و صنعت هست را تغییر بدین.
اگر تغییر دادین، نباید دیگه به اسم اولی ذخیره و استفاده بشه.
باید اسمشو تغییر بدین. مجوز استفاده ش به این صورته.
منم تغییر دادم و ضمیمه کردم.
شما هم باید در فایل main.tex خط
\documentclass[oneside,openany,msc]{IUST-Thesis}
را به
\documentclass[oneside,openany,msc]{IUST-Thesis-marzeyeh}
تغییر بدین.