چرا محیط align را داخل محیط LTR قرار دادی؟ چرا در محیط align که یک محیط ریاضی است بجای استفاده از محیط array از محیط tabular استفاده کردی؟
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}
\begin{document}
\begin{equation}
\begin{array}{c|ccc}
c_1 & a_{11} & \cdots & a_{1r} \\
\vdots & \vdots & & \vdots \\
c_r & a_{r1} & \cdots & a_{rr} \\ \hline
& b_1 & \cdots & b_r
\end{array}
\end{equation}
\end{document}