شما دستورهای اولیهی فایلتون باید به این صورت باشه:
\documentclass[10pt,a4paper]{article}
%\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage{amsmath}
%\usepackage{amsfonts}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{xepersian}
یعنی amsfonts و inputenc حذف شوند.
بستهی زیپرشین باید آخرین بستهای باشد که فراخوانی میکنید.