با سلام
دستور numberstyle این کار را می کند مثلا
\begin{latin}
\lstset{emph={pMax,pMin,transP,waitingUser,waitQueue},emphstyle=\color{red},backgroundcolor=\color{codeColor},numberstyle=\tiny}
\lstinputlisting[language=Java]{Code/threadQueue.java}
\end{latin}
در مورد تغییر نوعش نمی دانم به راهنمای listings رجوع کنید شاید بتواند مفید باشد