کد زیر رو به انتهای فایل commands اضافه کنین.
\makeatletter \let\orig@chapter\@chapter
\def\@chapter[#1]#2{\ifnum \c@secnumdepth >\m@ne
\if@mainmatter
\refstepcounter{chapter}%
\typeout{\@chapapp\space\thechapter.}%
\addcontentsline{toc}{chapter}%
{\@chapapp~\protect\numberline{\thechapter}#1}%
\else
\addcontentsline{toc}{chapter}{#1}%
\fi
\else
\addcontentsline{toc}{chapter}{#1}%
\fi
\chaptermark{#1}%
\addtocontents{lof}{\protect\addvspace{10\p@}}%
\addtocontents{lot}{\protect\addvspace{10\p@}}%
\if@twocolumn
\@topnewpage[\@makechapterhead{#2}]%
\else
\@makechapterhead{#2}%
\@afterheading
\fi}
\renewcommand*\l@section{\@dottedtocline{1}{3.5em}{2.3em}}
\renewcommand*\l@subsection{\@dottedtocline{2}{5.8em}{3.2em}}
\makeatother
و بعد کد زیر رو قبل از دستور \appendix توی فایل Tabriz_thesis.tex قرار بده.
\makeatletter
\let\@chapter\orig@chapter
\makeatother
در ضمن، لطفاً در صورت هر گونه تغییر در کلاس Tabriz_thesis، اونو با یه نام دیگه ذخیره و استفاده کنین. در ضمن، اطلاعات مربوط به کپیرایت داخلشو هم تغییر بدین.