در فایل شما کاراکترهای ناشناخته وارد شده.
چون در فایل log شما نوشته:
\documentclass[oneside,openany,msc]{IUST-Thesis}‎
You're in trouble here. Try typing <return> to proceed.
If that doesn't work, type X <return> to quit.
Missing character: There is no ‎ in font cmr12!
! LaTeX Error: Missing \begin{document}.
See the LaTeX manual or LaTeX Companion for explanation.
Type H <return> for immediate help.
...
l.29 ‎
\input{commands}‎
مثلا:
l.23 ...class[oneside,openany,msc]{IUST-Thesis}‎
آخر خط کاراکترهای «â€Ž» را ببینین.
باید اینا را پاک کنین.
یا اون خطها را ازو اول تایپ کنین.
فایل را با ویرایشگری باز کردین که امکاناتش کم بوده و فایلتون را خراب کرده.