پررنگ شدنش بخاطر اینه که از حالت ایتالیک دراومده و بخاطر این پررنگ به نظر میاد.
لازم نیست و درست نیست که ارجاع به مراجع را داخل $ بنویسین.
اگر نمیخایین، شمارهی صفحاتی که به مرجعی ارجاع دادین، توی قسمت مراجع، جلوی هر مرجع بیاد، سطری به صورت زیر در فایلتون باشد باشه:
\usepackage[pagebackref=true]{hyperref}
باید به این صورت، تغییرش بدین:
\usepackage[pagebackref=false]{hyperref}
البته این به نظرم خوبه که باشه. چون برای خوانندههای بعدی پایاننامه شما خوبه.
یک خوبی هم برای داورتون داره. چون میفهمه به چه مراجعی ارجاع ندادین و الکی آوردین.