با سلام
هر معلولي علتي دارد، اين خودكار نوشتن از كجا حاصل ميشود. مثلاًً شمارنده فرمول (1-2) دستورش چيه؟
همونطور که آقا هادی گفتن، شما باید کدهای بستهها رو بررسی کنین. مثلاً اگه میخواین دستور شمارنده بخش رو در کلاس book ببینین، باید فایل book-xetex-bidi.def رو باز کنین و کلمه section رو سرچ کنین تا به خط
\renewcommand \thesection {\thechapter\@SepMark\@arabic\c@section}
برسین و یا اگه دنبال دستور شمارنده فرمول در کلاس book هستین، باید کلمه equation رو سرچ کنین تا خط
\renewcommand\theequation
{\ifnum \c@chapter>\z@ \thechapter\@SepMark\fi \@arabic\c@equation}
رو پیدا کنین.
دستور شمارنده فرمول داخل پرانتز رو هم میتونین توی فایل amsmath-xetex-bidi.def پیدا کنین که به صورت
\def\tagform@#1{\maketag@@@{\if@RTL\beginR\fi(\ignorespaces#1\unskip\@@italiccorr)\if@RTL\endR\fi}}
هستش. دقت داشته باشین که دستور بالا، تعریف دستور \tagform@ هستش که در تعریف دستور \eqref ازش استفاده شده.