من
\usepackage[quickindex]{xepersian}
رو به
\usepackage[]{xepersian}
تبدیل کردم. اینطوری درست شد. به علاوه، صفحات 1 تا 3 به صورت 1-3 خورده (که چون زبان فارسی از راست به چپه این درست تره) نه 3-1.
اینکه دوتا ادیتور دوتا خروجی متفاوت برای یک فایل میده، معنیش اینه که تنظیماتشون متفاوته و مشکل از ادیتوره.
من اسم texmaker رو برای این آوردم که در این ادیتور، F12 نمایه ساز هست که ممکنه در یک ادیتور دیگه متفاوت باشه.