بالاخره راه حل رو پیدا کردم. کافیه فایل batch که در حالت عادی بصورت
cd texmaker\
set path=%~dp0miktex\miktex\bin
start texmaker.exe ..\Documents\XePersian\xepersian_example_0002.tex
هست رو به اینصورت تغییر بدید
cd texmaker\
set path=%~dp0miktex\miktex\bin
start texmaker.exe
اینها مربوط به texmaker بود. کافیه همین کار رو در مورد texworks هم انجام بدین.
البته همچنان یک مشکل، باقی هست و اون هم اینه که برای باز کردن هر فایل، باید ابتدا نرم افزار (texworks یا texmaker) رو اجرا کرده و از اونجا، برنامه دلخواه رو open کنیم. در صورتیکه بهتر است به اینصورت باشد، که از درون پوشه مربوط به برنامه نوشته شده و با استفاده از open with این کار انجام شود. در حال حاضر، در صورت استفاده از گزینه open with، خطا میدهد.